La construction de cette église (aujourd'hui désaffectée ) fut commencée en 1494 et achevée en dix ans environ par des ouvriers venus de Côme. Le magnifique portail en chandelier, sculpté par Bernardino di Pietro da Corona, date toutefois d'un peu plus tard, et a été réalisé dans les années 1511-1512. Les deux médaillons de l'extrados représentent l'Empereur Maximilien I° de Habsbourg et le Pape Jules II : poignée de mains programmatique entre pouvoir temporel et pouvoir spirituel sous les balances de la Justice Divine protégées par l'épée de l'Archange Michel et bénies par la droite de Dieu le Père, entre la Vierge Marie en recueillement dévot et l'Archange Gabriel l'Annonciateur. Il faut signaler que le bloc de pierre sur lequel se trouve sculpté l'image de St. Michel présente sur le flanc gauche non visible une inscription romaine dédiée au procurateur Sextus Truttedius Clemens: ce qui indique qu'il provient d'un monument romain antique, comme l'inscription dèja signalée AUGUSTO qui se trouve sur le côté du portail. Sur le côté opposé on peut voir la reproduiction en haut-relief, déjà signalée elle aussi, de la porte d'Auguste: témoignage abondamment significatif du culte humaniste pour la romanité, voulu par la Congrégation de St. Michel. Il faut préciser que, telle qu'elle se présente aujourd'hui, la façade de l'église est le fruit d'une recomposition avec recul, réalisée en 1936-37. Avant cette date en effet, l'édifice s'avançait jusqu'à cacher la moitiée de l'arcade mineure de droite de la porte d'Auguste .La construction de l'édifice de la Schola ou Congrégation de St. Michel est antérieure d'une vingtaine d'années environ à celle de l'église: elle a été érigée pour abriter le conservatoire des ''esposti'' (enfants trouvés ), commencé en 1469 et terminé vers 1490. Pour la belle ''loggia'' renaissance qui, au-delà de l'Arc, caractérise l'entrée de cet édifice, il est prouvé qu'en 1475 fut demandée et accordée l'autorisation d'utiliser les pierres de l'attique romain abattu durant le siège de 1463; mais les colonnes actuelles en pierre qui soutiennent les arcades de l'étage inférieur semblent être le fruit d'une réfection plus tardive, œvre du tailleur de pierre Giovanni Bosso qui en 1543 travailla à fournir les huit colonnes d'ordre ionique du petit cloître intérieur. De la construction originaire pourraient par contre avoir fait partie les colonnettes polygonales de la petite loggia de l'étage supérieur, placées comme soutien de la couverture caractéristique avec architrave à consoles en bois, à la manière toscane et vénitienne. Les colonnettes analogues du petit cloître intérieur sont au contraire une imitation moderne, puisqu'elles ont été mises en œvre par l'architecte Alberto Calza Bini lorsqu'en 1925-26 il fut chargé de remettre en fonction l'ancien édifice: ce qu'il fit avec une fine sensibilité, mais aussi avec une extrême liberté, puisq'il devait en tirer le siège de l'ancienne Congrégation de la Charité. Aujourd'hui est à l'étude une nouvelle récupération de la construction (église comprise ) pour en faire le siège de l'antiquarium municipal et d'autres collections de musées de la ville, et pour restituer la fonction désormais traditionelle d'espace destiné aux activités culturelles à la belle Salle St. Michel qui avait été rénovée au XVIIIe siècle.

C'est le noble Francesco Martinozzi qui le fit constuire à partir des fondations dès 1564, année où lui fut accordée l'autorisation d'abattre l'ancienne église de St. Maurice pour en utiliser l'emplecement. De l'église abattue il reste encore des traces évidentes sur le mur extérieur qui délimite le long de la rue Arco d'Augusto le flanc nord du palais. Là en effet la construction n'apparaît pas comme érigée ex novo, mais en utilisant une partie des murs préexistants, en bouchant les ouvertures (parmi elles une monophore trilobée et une étroite ouverture à ogive semblable à ce qu'on appelle ''la porte du mort'') et en conservant, enchassée, une intéressante croix romane en pierre. Plus loin, délimitant l'angle postérieur du nord-est, survit la partie inférieure (la partie supérieure n'est qu'une réfection moderne) d'une ancienne maison-tour médiévale.C'est une pure et simple hipothèse, qui ne trouve aucune confirmation dans les documents, que l'attribution du dessin de la belle façade à Jacopo Sansovino: façade qui en 1937 seulement a pu apparaître dans toute sa sévère monumentalité à la suite de l'ouverture de la Place des Avveduti. Sur les côtés se dressent les robustes lignes verticales des deux angles à bossage, rejoints à mi-hauteur par la corniches d'étage, tendue horizontalement pour marquer la séparation entre la partie inférieure et la partie supérieure qui se termine par un grand entablement raffiné à console double. Au centre de la partie inférieure domine le beau portail caractérisé par le motif délicieusement renaissance de l'encadrement en pointes de diamant et par d'étroites parastades cannelées. Le tout en grès, comme les autres parties ornamentales symétriquement réparties: de l'encadrement des neufs grandes fenêtres à tympans triangulaires et arqués aux cinq petites fenêtres caractéristiques à ouverture octogonale sous le toit. Par le porche d'entrée nu, à voûte en berceau, on arrive au portique qui caractérise le côté d'entrée de la cour paisible, avec deux pilastres cruciformes qui soutiennent les arcs des trois arcades à croisée d'arêtes. Tout le reste a malheureusement été refait à la suite des dommages causés à la construction par les bombardements du 1944. Pour l'intérieur, une partie seulement des salles de la zone antérieure conserve les voûtes originaires en pavillon où à croisée d'arêtes et de beaux petits portails en pierre. Les locaux souterrains (récupérés depuis peu pour des activités culturelles) sont au contraire bien conservés, caractérisés par de robustes voûtes de briques, et avec accès séparé de la rue Arco d'Augusto. L'inscription placée sur la façade rappelle que de la famille Martinozzi fit partie cette Laura (fille du comte Girolamo et de Margherita Mazzarino, sœur du célèbre cardinal), qui, mariée au duc Alphonse d'Este en 1655, donna le jour à Bèatrice, épouse de Jacques II Stuart d'Angleterre.

C'est l'ancienne église du Saint-Sauveur que les Mineurs Observants obtinrent en 1519, et où ils se transférèrent de leur ancien couvent extra-urbain de S. Lazzaro: la nouvelle consécration n'eut lieu qu'en1557 et l'église fut dédiéè à Sainte Marie Nouvelle. Le portail en chandelier de l'ancienne église est œuvre de Bernardino di Pietro da Corona. Le portique à trois arcades fut probablement, réalisé, par le tailleur de pierre Giovanni Bosso. A l'intérieur, à nef unique en style baroque tardif, on conserve des toiles de valeur: la ''Visitation'' de Giovanni Santi, l' ''Annonciation'' et la ''Vierge avec l'Enfant et Saints'' de Pietro Perugino et la prédelle avec les ''Histoires de la Vierge'' à la réalisation de laquelle certains pensent a collaboré le jeune Rapha?l Sanzio.
On peut admirer encore l'inestimable Chœur en bois,marqueté et sculpté, réalisé à la fin du XVe siècle.